Oficiálními barvami Černé jsou modrá a bílá. Základ znaku a vlajky pak tvoří červená rožmberská růže se žlutým středem, přesněji semeníkem. Za ní jsou pak dvě přeložená hornická kladívka. Ve spodní části znaku zvlněné pruhy.
„Růže ukazuje historickou vazbu obce k Českému Krumlovu a současně připomíná pečeť mariánského kostela v Černé doloženou otiskem z první poloviny 19. století,“ upřesnil včera starosta Jan Voldřich. „Figura zkřížených hornických kladiv pak odkazuje na zdejší těžbu grafitu.“ Mohutná ložiska grafitu byla v okolí nalezena už v roce 1767 a tuha se zde začala těžit v roce 1812. Největší rozmach těžby nastal v Černé na přelomu 19. a 20. století. V roce 1940 byly vytěžené doly zrušeny a postupně v dalších letech zatopeny nově dostavěnou Lipenskou nádrží.
„Modrý a bílý, přesněji stříbřitý pruh ukazují symbolicky jak lipenské jezero, tak soutok Vltavy a Olšiny. Černý pruh pak připomíná jak českou, tak německou verzi názvu obce,“ dodal starosta.
Ve třináctém století se tomuto místu říkávalo Na černé řece. Později se obec jmenovala jednoduše Černá nebo Nachirnie, což byl také slovanský název s označením villa, tedy vesnice. V 16. století se Černá psávala jako Schwarzbach, z čehož vzniklo české Černý potok. Potok pramenil ve zdejších rašeliništích a dodnes nikdo přesně nerozsoudí, zdali jeho černou barvu dala vodě i obci ložiska rašeliny, nebo grafitu.
Bez zajímavosti rozhodně není, že toto území vlastnil ve 13. století Hirzo z Klingenbergu, který jej dostal darem od Václava I. Hirzo rozuměl stavebnictví a proto ho později Otakar II. pověřil založením Českých Budějovic.
