Zatímco objekty, které už řád získal zpět, jsou postupně opravovány, u zbylých tomu tak zdaleka není.

Na vině je zčásti stále odkládaný restituční zákon. „Za poslední dekádu se budovy, které zatím ještě vlastní stát, prakticky neopravily, chátrají a padají. Podnikat v tomto prostředí je pak daleko složitější,“ míní ředitel Informačního centra cisterciáckého kláštera Jaroslav Čása.

Mnoho lidí vnímá tento stav jako určitou netečnost představitelů státu vůči státnímu majetku, která trvá prakticky od revoluce v roce 1989. Některé budovy vyšebrodského kláštera spravuje Pozemkový fond České republiky a podle mluvčího fondu Michala Bureše není možné až do doby vypořádání státu a církve s tímto majetkem jakkoliv nakládat. „Tento majetek je fakticky deponován ve správě Pozemkového fondu, jenž v takových případech provádí opravy toliko na základě nařízení místně příslušného stavebního úřadu,“ přiblížil Bureš současný stav.

Do dnešního dne vynaložil stát prostřednictvím Pozemkového fondu ČR na opravu hospodářské části kláštera ve Vyšším Brodě více než 10 milionů korun. Jednalo se především o opravy střešních krytin a krovů a o opravu rybníka, který k předmětnému majetku též přináleží.